Tutoriel: Documenter un code avec Doxygen

Introduction à Doxygen

    A l'instar de Javadoc, Doxygen est un lgociel libre de documentation de code possédant des capacités de génération de documentation à partir du code source d'un programme. Pour cela il tient compte de la syntaxe et de la structure du langage du programme ainsi que des commentaires associés à condition que ceux-ci soient écrit dans un format adapté. C'est cette manière de commenter que nous allons étudier dans cet article.
    La génération de documentation peut être faite à partir de code dans les langages suivants: C, C++, Java, Objective C, Python, IDL, VHDL et dans une certaine mesure PHP, C# et D. Le résultat final est une documentation complète générée en HTML (compressé ou non), LaTeX, RTF, PostScript, PDF avec hyperliens, et XML.
 
Les logiciels nécessaires à cette génération sont:
    - Doxygen, pour la génération de documentation au format HTML, LaTex, PostScript et XML...
                Installation sous windows:
                   télécharger la dernière version et puis lancer doxygen-xxx-setup.exe
                Installation sous Linux:
                   sudo apt-get install doxygen doxygen-gui
 
    - Graphviz, pour la génération de graphes (graphes d'appel, de dépendances, ...).
                Installation sous windows:
                   télécharger la dernière version et puis lancer graphviz-xxx.msi
                Installation sous Linux:
                   sudo apt-get install graphviz
 
    - MikTex pour la génération de documentation au format pdf avec hyperliens.
                Installation sous windows:
                   télécharger la dernière version et puis lancer basic-miktex-xxx.exe
 
    - HTML WorkShop, pour la génération de documentation au format HTML compressé.
                Installation sous windows:
                   télécharger la dernière version et puis lancer htmlhelp.exe

Commenter son code avec Doxygen

Généralités dans les commentaires

    Afin de différencier dans un fichier les commentaires à l'intention de Doxygen de ceux qui ne sont pas à prendre en compte, Doxygen possède sa propre norme de documentation, ou plutôt ses propres normes puiqu'il vous permet le choix entre l'une ou l'autre de ses différentes formes suivantes:
                     /**
                      * Ceci est un commentaire multiligne compris par Doxygen.
                      * C'est cette convention que nous utiliserons par la suite....
                      */
 
                     /*!
                      * ... Remarquez toutefois que suivant votre propre goût,
                      * vous pouvez utilisez celle-ci.....
                      */
 
                     //!
                     //! ... ou celle-là. L'important comme souligné dans l'article précédent de ce dossier,
                     //! c'est de concerver la même convention tout au long de votre programme....
                     //!
 
                     ///
                     /// ... Toutes ces formes de commentaires multilignes
                     /// peuvent toutefois être utilisez de façon monoligne...
                     ///
 
                     int iValeur = 5; /** ... et ce même après une ligne de code. */
 
                     /* En revanche, les formes de commentaires conventionnelles */
                     // ne seront pas pris en compte par Doxygen.

Listes des attributs

    Afin de préciser et de donner du sens aux commentaires, chaque information essentielle dispose d'une balise pour en préciser la nature. Une balise peut s'écrire \balise ou @balise. Par la suite, nous utiliserons la convention \balise.
Voici la liste des balises Doxygen les plus courantes (par ordre alphabétique):
    \a           Utiliser pour faire ressortir un paramètre dans sa description.
                      ex:   /** ...les coordonnées \a x et \a y du point.... */
                             donne 
                             ...les coordonnées x et y du point....
    \author  {liste d'auteur}    
                   Utiliser pour indiquer l'auteur du fichier ou de la fonction, structure ou de la chose décrite.
                       ex:   /** \author Miroslav */
    \b           Utiliser pour mettre en gras un mot dans une description; équivalent à mot en HTML.
                      ex:   /** ...il est \b important que.... */   donne   ...il est important que....
    \brief     Utiliser pour créer un résumé de description.
                      ex:    /**
                                 * \brief Ici le résumé de la description...
                                 *...qui peut prendre plusieurs lignes (mais rester bref)
                                 *
                                 * Ici la description complète...
                                 */
    \bug       Utiliser pour indiquer un bug dans une fonction ou un morceau de programme.
                      ex:   /** \bug La probabilité calculée dépasse parfois 1. */
    \class [] []    
                  Utiliser pour décrire une classe. Le premier paramètre est obligatoire, les suivants optionnels.
                  Attention toutefois à ce que les paramètres soit corrects, la casse est prise en compte.
                      ex:   /** \class Voiture voiture.h "inc/voiture.h" */
                             class Voiture { };
    \date     Utiliser pour indiquer la date de création de la partie commentée.
                     ex:    /**  \date 7 juin 1954 */
    \def       Utiliser pour indiquer un commentaire pour une macro #define.
                     ex:   /**  \def  MAX(x,y)  */
    \e          Utiliser pour emphasier un mot dans une phrase. Equivalent à la balise HTML em.
                     ex:   /** ....ceci constitue un \e vraiment bon exemple.... */  
                            donne 
                            ...ceci constitue un vraiment bon exemple...
    \enum     Uiliser pour introduire la description d'une énumération de type enum.
                                     ex:   /** \enum COULEUR */
    \file        Utiliser pour décrire un fichier.
                                L'attribut doit être exact et fourni avec l'extension.
                                     ex:   /** \file mon_fichier.c */
    \fn                       Utiliser pour introduire la description d'une fonction. 
                                Peut-être omis si la description est placée immédiatement
                                sous la déclaration de la fonction et sans saut de ligne.
                                     ex:   /** \fn Cette fonction calcul le..... */
    \namespace    Utiliser pour introduire la description d'un espace de nommage.
                                          L'attribut doit être exact.
                                              ex:    /** \namespace maths */
    \param {description}
                  Utiliser pour lister et décrire les paramètres d'une fonction.
                  Le nom doit être exact et la description optionnelle peut-être multiligne.
                  Peut être suivi de [in], [out] ou [in,ou] pour indiquer si les paramètres sont input-output.
                      ex:   /** Cette fonction copie les \a n premiers caractères d'une chaîne dans une autre.
                               * \param[out]   dst   la chaîne de destination
                               * \param[in]     src    la chaîne à copier
                               * \param          n      le nombre de caractère à copier
                               */
                               char *strncpy (char *dst, const char *src, size_t n);
    \return {description}
                  Utiliser pour décrire le paramètre renvoyé par une fonction. La description peut-être multiligne.
                       ex:  il suffit d'ajouter à l'exemple précédent la ligne:
                              * \return       renvoit la chaîne de caractère contenu dans src.
    \struct [] []    

                   Utiliser pour décrire une structure. Le premier paramètre est obligatoire, les suivants optionnels.
                   Attention toutefois à ce que les paramètres soit corrects, la casse est prise en compte.
                       ex:   /** \struct Pixel pixel.h "inc/pixel.h" */
                               struct Pixel{ };
    \todo {description}
                   Utiliser pour indiquer ce qu'il reste à faire. La description peut être multiligne.
                        ex:   /**
                                 * \todo  Finir l'implémentation des accesseurs de la classe...
                                 *              ...et encore détails nécessitant plusieurs lignes
                                 */
    \typedef      Utiliser pour introduire la description d'un typedef.
                            ex:  /**  \typedef  Voiture: la classe voiture  */
    \union [] []    

                        Utiliser pour décrire une union. Le premier paramètre est obligatoire, les suivants optionnels.
                        Attention toutefois à ce que les paramètres soit corrects, la casse est prise en compte.
                            ex:   /** \union Couleurs couleurs.h "inc/couleurs.h" */
                                    union Couleurs{ };
    \version      Utiliser pour définir la version d'un fichier.
                            ex:  /** \version 1.0beta */
    \@ \& \\ \< \~ \# \% ...
                         Utiliser pour insérer le caractère correspondant dans une description.
                             ex:   /** Applique aux attributs \#1 et \#2 parsé en XML.
                                       *{cf fichier \~.tmp; en cas de problème contacter l'@auteur}  */
                                    donne
                                    Applique aux attributs #1 et #2 parsé en XML.
                                    {cf fichier ~.tmp  en cas de problème contacter l'@uteur}
 
Le lecteur est évidement invité à consulter la liste complète de toutes les balises Doxygen pour documenter au mieux son projet.

Commenter un fichier

    Voici un exemple de commentaire d'en-tête de fichier s'appliquant au fichier module_modeleVoiture.c .  L'ordre des balises n'a pas d'importance.
/**
 * \file          module_modeleVoiture.c
 * \author    Miroslav
 * \version   1.0
 * \date       12 Novembre 2009
 * \brief       Définit les modèles de voiture et leur particularités.
 *
 * \details    Cette classe surcharge les accesseurs standards du module_voiture pour
 *                  convenir aux spécificités des différents modèles possibles.
 */
La documentation résultante après analyse simple (pas de graphe d'appel ni de dépendance) par Doxygen:
exemple de documentation résultant du traitement Doxygen

Commenter une fonction ou une méthode

    Voici un exemple de commentaire de fonction ou de méthode.  L'ordre des balises n'a pas d'importance mais les balises \param ne peuvent être omises.
/**
 * \brief       Calcule la distance entre deux points
 * \details    La distance entre les \a point1 et \a point2 est calculée par l'intermédiaire
 *                  des coordonnées des points. (cf #Point)
 * \param    point1         Point 1 pour le calcul de distance.
 * \param    point2         Point 2 pour le calcul de distance.
 * \return    Un \e float représentant la distance calculée.
 */
La documentation résultante après analyse simple (pas de graphe d'appel ni de dépendance) par Doxygen:
exemple de documentation de fonction résultant du traitement par Doxygen

Commenter une structure ou une union

    Voici un exemple de commentaire de structure ou d'union.  L'ordre des balises n'a pas d'importance. Comme vous le remarquerez, nous introduisons ici l'opération < permettant d'insérer un commentaire pour un membre de la structure ou de l'union.
/**
 * \brief      Couleur possible pour un Point.
 * \details   La table de correspondance de couleurs est disponible en modification par les accesseurs.
 */
typedef enum
{
   COLOR_BLUE,               /*!< Couleur bleu (0,0,255)               */
   COLOR_DARK_RED,      /*!< Couleur rouge sombre (64,0,0)  */
   COLOR_OLIVE              /*!< Couleur olive (51,51,0)               */
}
Color;
La documentation résultante après analyse simple par Doxygen:
exemple de documentation d'énumération résultant du traitement par Doxygen

Générer la documentation Doxygen

Doxygen est installé? Votre code est entièrement documenté? Il ne reste plus qu'à générer votre documentation. Pour cela lancer doxywizard.exe depuis windows ou la commande doxywizard depuis linux.
 
Etape 1: Entrer un chemin vers un répertoire de travail.
Etape 2: Remplir les 4 parties de l'assistant Wizard de Doxygen. Outre le mode Wizard, vous remarquerez que le logiciel propose le mode Expert. L'onglet Run sert à lancer la génération de la documentation une fois que la configuration est correctement effectuée, soit par l'onglet Wizard soit par l'onglet Expert.

Présentation générale de l'interface graphique de Doxygen

Utilisation de l'assistant

Voyons comment remplir les quatres parties de l'onglet Wizard:
 
Projet:
   Cette partie est très simple à remplir et les différentes options ne méritent pas de long commentaire. Elle sert à fournir les informations générales nécessaires à la génération de la documentation.
Project name:       Remplir le nom du projet.
Project version:    La version du projet.
Source code directory:   Le répertoire contenant le code source à analyser et documenter.
Scan recursively:  En cochant cette case, l'analyse du répertoire source se fera de façon récursive.
                               Les sources contenus dans les sous-répertoires seront alors analysée.
Destination directory:    Le répertoire dans lequel sera crée la documentation.
 
Mode:
    La partie Mode spécifie les options des sources à analyser ainsi que la méthode d'analyse.
Documented entities only:  Seules les entités (fonctions, méthodes, fichiers, structures...) documentées seront analysées et placées dans la documentation résultante.
All Entities:   Toutes les entités présentent dans le source seront analysées et documentées. Cette option ne peut pas générer du texte de documentation à votre place mais permet en revanche d'inclure toutes les entités dans les structures avec des liens entre elles pour une relecture plus aisée.
Include cross-referenced: Les fichiers sources seront insérés dans la documentation avec une coloration syntaxique appropriée et des liens vers les documentations précises.
Select programming language to optimize the result for: Ces options spéciales permettent de choisir la présentation de la documentation résultante la mieux adaptées au langage de votre source.
 
Output:
    Cette partie spécifie les options de génération de la documentation, notamment le format de sortie.
    - HTML : générer une documentation au format HTML
    - Plain HTML : HTML pur
    - with frame and navigation tree : Ajoute une navigation facilitée par une présentation arborescente.
    - compressed HTML : Format des documentations Windows (.chm)
    - with search function : ajoute une barre de recherche dans la documentation.
                                          Attention: ne fonctionne que sur un serveur interprétant le PHP.
- Latex : générer une documentation LaTex
    - intermediaire format for :
           Propose trois options de sorties au format LaTex adaptées pour un post-traitement de conversion de la documentation au format PDF avec hyperliens, PDF pur ou PostScript.
- Man Pages : générer une documentation au format ManPages: format des documentations Linux.
- RTF :  générer une documentation au format RTF (Rich Text Format).
- XML : générer une documentation au format XML.
 
Diagrams:
     Cette partie permet de configurer la création de diagramme dans la documentation. 
- no diagrams: Pas de création de diagramme.
- built-in class diagram generator: Créer la documentation par défaut.
- use GraphViz: Permet la création de diagram supplémentaires insérés dans la documentation.
    Les diagrammes sont des schémas graphiques représentant des situations données. Les différents diagrammes proposées sont nombreux:
- Créer une représentation des relations directes et indirectes entre les classes.
- Montre les relations d'interdépendance des classes et structures.
   (ex: un membre de classe A est du type classe B )
- Créer les diagrammes représentant la hiérarchie des classes.
- Créer les graphes de dépendances des fonctions.
- Créer les graphes des fonctions dont dépendent directement et indirectement les fonctions documentées.
- Créer les graphes d'appel direct et indirect des fonctions.
- Créer les graphes des fonctions appelées directement et indirectement par les fonctions documentées.
 
Quand toutes les options sont configurées, la génération se lance tout simplement en cliquant sur Run Doxygen dans l'onglet Run.
La struture du dossier de documentation résultante sera la suivante:
Hiérarchie de la documentation résultante de Doxygen
 
Vous trouverez => ici <= un exemple de documentation effectué avec Doxygen. Il s'agit de la traduction effectuée par AxiomCafe de la documentation du noyau ChibiOS v1.0

Utilisation du mode expert

Afin de faciliter l'usage du mode Expert, il convient de compléter entièrement le mode Wizard puis de passer en mode Expert avant d'utiliser le Run. Nous n'allons cependant ici présenter que quelques une des fonctions intéressantes du mode Expert. Nous ne reprendrons de plus que les paramètres supplémentaires par rapport au mode Wizard.
Présentation générale de l'interface Doxygen en mode expert
Project :
    - DOXYFILE_ENCODING :     Permet de forcer l'encodage des fichiers de la documentation Doxygen.
    - OUTPUT_LANGUAGE :        Permet de choisir la langue de la documentation générée.
    - BRIEF_MEMBER_DESC :     Permet d'afficher (ou non) la description courte dans la liste des fonctions/structures/fichiers/classes/....
                                                   Cette description est placée en début de fichier avant la description détaillée.
    - REPEAT_BRIEF :                 Permet d'afficher (ou non) la description courte en haut de la description détaillée dans les fichiers.
    - SHORT_NAME :                   Permet de générer des noms de fichiers courts pour la documentation. 
                                                   Certains systèmes d'exploitation ne supportent pas les noms longs.
Build :
    - EXTRACT_PRIVATE :          Permet d'afficher la documentation pour les fonctions/méthodes/membres ayant le qualificateur private.
    - EXTRACT_STATIC :            Permet d'afficher la documentation pour les fonctions/méthodes/membres ayant le qualificateur static.
    - SHOW_DIRECTORIES :     Permet d'afficher la hiérarchie des fichiers sources dans la documentation.
    - SORT_BRIEF_DOCS :        Permet d'afficher la documentation des fichiers, namespaces et fichiers extraits par ordre alphabétique.
                                                  Si non cochée, affiche la documentation par ordre de déclaration dans le code source.
Input :
    - INPUT_ENCODING :          Force la prise en compte de l'encodage des fichiers sources.
Source Browser :
    - INLINE_SOURCES :           Permet d'insérer le corps des fonctions/méthodes/structures/... extraites dans la documentation.
Index :
    - ALPHABETICAL_ORDER :  Permet d'afficher la documentation de toutes entités extraites par alphabétique.
                                                  Si non cochée, l'ordre dans la documentation est celle de définition dans les fichiers sources.
HTML :
    - HTML_HEADER :                 Permet de forcer le header des fichiers de la documentation. Si laissé vide, le header par défaut est utilisé.
    - HTML_FOOTER :                 Permet de forcer le footer des fichiers de la documentation. Si laissé vide, le footer par défaut est utilisé.
Dot :
    - UML_LOOK :                             Permet de forcer la génération des diagrammes d'héritage et de dépendance selon la norme UML.
    - DOT_IMAGE_FORMAT :           Permet de forcer le format d'encodage des images (png, jpeg ou gif).
    - DOT_GRAPH_MAX_NODES :   Permet de limiter le nombre maximum de noeuds d'un graphe.
                                                        Si le nombre de noeud dépasse cette valeur alors le graphe est tronqué.
    - MAX_DOT_GRAPH_WIDTH et MAX_DOT_GRAPH_HEIGHT: Permet de limiter la taille des graphes générés.
    - MAX_DOT_GRAPH_DEPTH :    Permet de limiter la profondeur de génération de noeuds d'un graphe.
                                                         Si la profondeur dépasse cette valeur alors le graphe est tronqué.
    - DOT_TRANSPARENT :              Permet de générer des graphes sur fond transparent. 
                                                         Attention, cette option ne semble pas supportée sous Windows.
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Commentaires

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Dayer et al. MK is 72 years old, weighs 72 kg (158 lb), and measures 5 ft 9 in. panadol.levonorgestrel.adcirca Perhaps one of the most essential components necessary to improve medication management in patients is obtaining a thorough and complete medication history. Although the differential diagnoses and specific discussions are beyond the scope of this chapter, it must be emphasized that adequate control of the pruritus is important in each condition. Current treatment guidelines for aplastic anemia recommend the use of prophylactic antibiotic and antifungal agents when neutrophil counts are below 500 cells/mm (0.5 Г— 10/L). zyrtec.rocky.clomipramine All women of childbearing age should know their pregnancy status before receiving live vaccines or malaria prophylaxis. Eight observational studies have assessed the relationship between iron chelation and overall survival in about 1,500 patients with low-risk and intermediate-1 risk patients with MDS. carafate.norgestimate.levofloxacin There are no toxin-related contraindications to its use, but it is generally ineffective for iron, lead, lithium, simple alcohols, and corrosives. Strongyloidiasis is caused by the nematode Strongyloides stercoralis, which has a worldwide distribution and is predominantly prevalent in South America (Brazil and Columbia) and in Southeast Asia. T. anacin.arava.meloxicam Cilostazol works through cyclic nucleotide phosphodiesterase (PDE3) to degrade cyclic adenosine monophosphate (cAMP) which may benefit PAD patients with IC through vasodilation and antiplatelet effects. Alveolar ventilation is achieved by the cyclic process of air movement in and out of the lung. finax.oroken.artane Select the MOST appropriate antimicrobial treatment for anthrax. Some disciplines are promoting health literacy awareness by incorporating the need to address this cross-cutting topic in their accreditation standards.

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The GFR has also been quantified using radiolabeled markers, such as I-iothalamate (614 Da, radioactive half-life of 60 days), Tc-DPTA (393 Da, radioactive half-life of 6.03 hours), and Cr-ethylenediaminetetraacetic acid (Cr-EDTA; 292 Da, radioactive half-life of 27 days). Reliable data on prevalence of lice in the United States are unavailable, but anecdotal reports estimate that direct and indirect costs due to head lice may be as high as $1 billion per year. Peripheral opioid antagonists such as methylnaltrexone, naloxegol, and alvimopan should be reserved for opioid-induced constipation that does not respond to traditional laxative therapy. https://cateringvelthuis.nl/stmap_9jd714.html?atasol.lasuna.valtrex With this technique, the intraluminal pressure is measured proximal and distal to the stenosis during maximal blood flow (ie, hyperemia). Rare occurrences of pulmonary edema have followed the intravenous administration of bleomycin, cyclophosphamide, and vinblastine. The CDC has specific schedules for routine vaccination and catch-up vaccination. https://cateringvelthuis.nl/stmap_9jd765.html?vivitrol.donepezil.dapoxetine Pretest treatment in high-risk patients with pharmacologic agents has demonstrated mixed results. Destruction of the pituitary gland may result in secondary hypothyroidism, hypogonadism, adrenal insufficiency, GH deficiency, and hypoprolactinemia. https://cateringvelthuis.nl/stmap_9jd765.html?metronidazole.keppra.clotr... These agents also have been used as a means for suicide or homicide. The normal urine pH typically ranges from 4.5 to 7.8, and an elevation above this may suggest the presence of urea-splitting bacteria. https://cateringvelthuis.nl/stmap_9jd737.html?cafergot.erythromycin.chlo... A history of asthma or COPD had no predictive effect. The drug is contraindicated in patients who should not take salicylates (ie, hypersensitivity to salicylates, children). https://cateringvelthuis.nl/stmap_9jd7103.html?albenza.omeprazole.emsam Patients also may experience gastrointestinal symptoms such as diarrhea, nausea, and vomiting. It is common for patients with diabetes and stages 4 to 5 CKD to have reduced requirements for exogenous insulin, and require supplemental therapy with activated vitamin D3 (calcitriol) or other vitamin D analogs (paricalcitol, doxercalciferol) to avert the bone loss and pain associated with CKD-associated metabolic bone disease. Various cultures describe illnesses that are only recognized within that culture.

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Most notable is the occurrence (approximately 10% of cases) of anaphylactoid reactions (see Chapter 89) following the IV infusion. Plasma clearance can also be determined following a single-dose IV injection with the collection of multiple blood samples to estimate area under the curve (AUC0-в€ћ). emergen.hydrodiuril.rabeprazole A rapid SNP test is done and reveals the CYP2C9*2/*3 and VKORC1 AA genotypes. It is proposed that exposure to an inciting antigen (drug) activates cells and cytokines of the immune system, leading to the death of stem cells. trihexyphenidyl.tinidazole.meloxicam The genetic code has substantial redundancy, in that two or more codons code for the same amino acid. However, as ABI is a sufficient means of diagnosis, arteriography is not necessary or encouraged. maxaman.tofranil.concor The efficacy of octreotide for treatment of acromegaly was initially determined by two major multicenter trials. Outcomes vary based on patient comorbidities, time from diagnosis to transplant, FAB subtype of MDS, percentage of bone marrow blasts at the time of HSCT, IPSS risk category, type of conditioning regimen administered before HSCT, and dose and source of stem cells infused. dipyridamole.arimidex.pamelor The antineoplastic agents exemplify the dose-dependent mechanism for the development of aplastic anemia. The search for and use of an antidote should not replace good supportive care. Pretreatment regimens similar to those used with iodinated contrast studies are usually effective, but they have been associated with breakthrough reactions, particularly in patients with a history of reactions to gadolinium or iodinated contrast agents. enalapril.cyproheptadine.micardis However, due to concerns regarding phosphate-induced nephropathy, there has been a return to standard PEG-based solutions. Unfortunately, that projected upside has not been observed clinically. Most hypersensitivity or allergic reactions (bronchospasm) occur rapidly, within the first 2 weeks of therapy with the offending agent, and reverse rapidly with appropriate therapy (eg, withdrawal of the offending agent and administration of corticosteroids and bronchodilators).

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In patients who experience immediate thrombocytopenia, drug-specific antibodies are naturally occurring and present at the time of drug administration. The residual line is calculated as before using the method of residuals (see Fig. Laparoscopy uses a tube-like device with an elaborate optical system that permits distinct visualization of the peritoneal cavity. https://keiindemaatschappij.nl/stmap_dh2z125.html?aldactone.carbamazepin... Institutions should develop guidelines for the use of drugs in specific diseases and for the use of high-cost drugs such as colony-stimulating factors, monoclonal antibodies, dornase alfa, epoetin alfa, immunoglobulins, surfactants, and growth hormones. ERCP is also a useful method for tissue acquisition in the pancreaticobiliary tract using a variety of brush and biopsy devices. https://keiindemaatschappij.nl/stmap_dh2z184.html?eldepryl.tulasi.bromoc... The mechanism of drug-induced hemolytic anemia can be divided into two categories, immune or metabolic (ie, oxidative). However, in patients with hepatic cirrhosis, both equations were significantly positively biased (40-42 mL/min/1.73 m <>.39-0.40 mL/s/m]), with low precision (21-26 mL/min/1.73 m <>.20-0.25 mL/s/m]) and low accuracy with only 7% of patients having eGFR values within 30% of the mGFR. Unfortunately, VFR travelers often display some of the highest rates of travel health problems. https://keiindemaatschappij.nl/stmap_dh2z216.html?ondansetron.salbutamol... Appropriate monitoring of therapy for GHD and non-GHD short stature includes regular assessments of height, weight, growth velocity, serum IGF-1 concentrations, and bone age every 6 to 12 months. Gastrointestinal (GI) infections and enterotoxigenic poisonings encompass a wide variety of medical conditions characterized by inflammation of the GI tract. Patients with a history of mental illness should be counseled on the need for an adequate medication supply and impeccable adherence while abroad. https://keiindemaatschappij.nl/stmap_dh2z132.html?capitis.keftab.levaquin The International CONsensus (ICON) on Drug Allergy has recently proposed that the term drug allergy should be used for drug reactions in which a definite immune mechanism (either antibody- or T cell-mediated) has been proven. P-glycoprotein is one of the most recognized of the drug transport proteins that exhibit genetic polymorphism. These patients have heights that are significantly lower than the third percentile but present with normal GH serum concentrations and no specific underlying explanation for short stature. https://keiindemaatschappij.nl/stmap_dh2z156.html?benfotiamine.procardia... After the drug reaches the systemic circulation, it can leave the vasculature and penetrate the various tissues or remain in the blood. Based on these criteria, 37% of the patients were classified as low risk (median OS, 26 months), 35% as intermediate risk (median OS, 14.4 months), and 28% as high risk (median OS, 7.3 months). An outpatient psychiatrist recently started the patient on an antidepressant medication for symptoms of depression.

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Topical pharyngeal anesthetics, such as viscous lidocaine or benzocaine, usually improve patient acceptance of the upper endoscopic tube. In 2009, over 250 pharmacists were members of the American College of Clinical Pharmacy's Transplant Interest Group and more that 65% of responding centers reported a pharmacist on their transplant teams. These agents also suppress the LH response to GnRH; decrease splanchnic blood flow; and inhibit secretion of insulin, vasoactive intestinal peptide (VIP), gastrin, secretin, motilin, serotonin, and pancreatic polypeptide. capecitabine.divigel.demadex In women, kidney cancer is the eighth most common cancer, occurring at a rate similar to the rates for ovarian and pancreatic cancers. Other important findings that indicate poor survival are a peak prothrombin time greater than 40 seconds, elevated serum creatinine, and low arterial pH. An elevated pulmonary vascular resistance often is observed in patients with primary lung disease, pulmonary vascular disease, and a greatly elevated pulmonary venous pressure resulting from left-sided myocardial or valvular dysfunction. abana.phenytoin.caduet Nivolumab was dosed at 3 mg/kg every 2 weeks or everolimus 10 mg daily and continued until disease progression or toxicity. Similarly, in patients with compensated CHF, plasma BNP concentrations provide valuable prognostic information, in that each 100 pg/mL increase in plasma BNP in these subjects is associated with a 35% increase in the relative risk of death. cefuroxime.altace.strattera Other staining techniques are used to identify pathogens such as those that are best identified microscopically because of their poor growth characteristics in the laboratory setting. When challenged with a protein load, the vegetarian subjects are able to increase their GFR to the "normal" range. vibra.bacopa.xeloda Developing an effective plan for pain management first requires pain assessment. Traveler's thrombosis, also referred to as travel associated venous thromboembolism (TAVTE), can occur in otherwise healthy individuals who are not known to be hypercoagulable. duloxetine.rozex.calan Two randomized trials demonstrated a survival benefit with IFN. In this type of reaction, heparin binds the platelet and forms an antigenic structure, which is then bound by antibodies. While the specific pathophysiologic mechanisms behind different epilepsies are complex, the underlying general pathophysiologic process at the heart of all epilepsies is disturbed regulation of electrical activity in the brain resulting in synchronized and excessive neuronal discharge.

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For example, during World War I, 100,000 deaths and 1.2 million casualties were attributed to attacks with chlorine, phosgene or mustard. Determination of a serum acetaminophen concentration is warranted to rule out the coincidental ingestion of acetaminophen with an opioid-acetaminophen combination product. fluoxetine.altace.maxaman Likewise, an ME in administration is any discrepancy between how the medication is given to the patient and the administration directions from the physician or hospital guidelines. Clinical implementation of pharmacogenetics is beginning to emerge in other therapeutic areas, such as cardiology, neurology, pain management, and infectious disease. In addition, somatostatin analogs delay the GI absorption of glucose, which may further alter glucose metabolism in acromegalic patients. cozaar.diprosone.vermox The absence of a drug from such a list should not discourage the investigation and reporting of a suspected agent associated with an adverse event. SCORTEN uses seven independent risk factors based on an assessment within 24 hours of clinical presentation. quetiapine.levitra.topiramate For patients who have received medical therapy with dopamine agonists for at least 2 years, therapy may be tapered or discontinued if normal serum prolactin concentrations are achieved in the absence of visible tumor (The Endocrine Society; weak recommendation with low quality evidence). To assist with collecting pertinent information, pharmacists may find the Tool to Improve Medications in the Elderly via Review (TIMER) a helpful modality. emergen.celecoxib.evista The three common forms of peptic ulcers can be grouped according to their etiology: Helicobacter pylori-positive, nonsteroidal anti-inflammatory drug (NSAID)-induced, and stress-related mucosal damage (SRMD) (Table 33-1). Radiographic studies using barium sulfate are commonly referred to as barium esophagram (barium swallow) or barium enema studies as barium sulfate is only administered via the oral or rectal route. antacid.himcolin.azole The parasite's outer shell allows it to be extremely tolerant to chlorinated water and can remain viable up to 10 days in recreational pools. Alcohol is the drug that most commonly produces steatonecrotic changes in the liver.

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A phase III randomized, placebo-controlled study of lenalidomide in low- and intermediate-1-risk MDS patients with a deletion 5q compared the efficacy and safety of lenalidomide 10 mg daily for 21 of 28 days or 5 mg daily with placebo in transfusion dependent patients with a primary endpoint of transfusion independence for at least 26 consecutive weeks. Metoclopramide and domperidone, an antiemxetic available in Europe, are potent dopamine-receptor antagonists reported to induce hyperprolactinemia. https://onlinemusicschool.nl/stmap_1h1m107.html?cipralex.maxaman.aspirin Coagulopathy with decreased thrombin formation is one of the early direct effects of excessive iron concentrations, and later disturbances of coagulation (after 24-48 hours of ingestion) are a consequence of hepatotoxicity. In the patient undergoing myocardial perfusion imaging for the evaluation of coronary artery disease, exercise stress is preferred over pharmacologic stress, since it allows an assessment of the patient's exercise capacity, symptoms, ST segment changes, and level of exertion that results in ischemia. This was confirmed in a follow-up study in which 6 of 24 drug-induced deaths were respiratory in nature. https://onlinemusicschool.nl/stmap_1h1m121.html?glucophage.flonase.stada Recent developments in brain imaging (functional magnetic resonance imaging ) using computer algorithms are being studied and show promise in diagnostics. When elastic recoil is reduced (as in emphysema), lung volumes are increased. The higher rate of cross-reactivity between penicillin and the first-generation cephalosporins has been attributed to similarities in the R1 side chains of these agents. https://onlinemusicschool.nl/stmap_1h1m215.html?nolvadex-d.phenergan.epi... For example, urban crowding has led to increases in water-collecting trash, a breeding ground for Aedes aegypti, the vector for Dengue. Gemcitabine has been reported to cause noncardiogenic pulmonary edema and use of corticosteroids and diuretics should be considered early on to prevent mortality. https://onlinemusicschool.nl/stmap_1h1m183.html?label.naprosyn.benzac N-methylnicotinamide (NMN) and tetraethylammonium are prototype compounds secreted by the cationic transport system and may be used as markers of cationic secretory capacity. First-order rate constants, known as microconstants, describe the rate of transfer from one compartment to another. The use of these genotyping methods as an aid to select an optimized antiretroviral regimen has been correlated with an improved clinical response to therapy, as well as with a more potent reduction in the viral load. https://onlinemusicschool.nl/stmap_1h1m125.html?bactroban.propranolol.fu... PAD is associated with elevated risk of cardiovascular disease (CVD) morbidity and mortality, even in the absence of history of acute myocardial infarction (AMI), stroke, or other manifestations of CVD. Food and Drug Administration regulations can require the industry to conduct studies and seek labeling of important drugs for use in pediatric patients.

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These reactions are generally mild, do not require treatment, and resolve with continued insulin administration. Although evidence for the treatment of HAI does not currently exist for vardenafil, it is likely that it would have the same beneficial effect as prophylaxis given its mechanism of action. Diminished carotid arterial pulsations may be the result of a reduced stroke volume, atherosclerotic narrowing of the carotid artery, or obstruction to left ventricular outflow due to aortic valve stenosis or hypertrophic obstructive cardiomyopathy. cipro.bactroban.glumetza The larvae matures in about 8 weeks and remain as a semitransparent, oval-shaped, fluid-filled bladder in tissues. This has never occurred with their use in asthma patients, even in inadvertent overdosage. Approximately 7% of the whites are poor metabolizers for CYP2C9 substrates (Table e4-3A). bactrim.levlen.vpxl The epidermis, which is derived from ectoderm, is further divided into four layers: stratum basale (basal layer), stratum spinosum (prickle cell layer), stratum granulosum (granular layer), and stratum corneum (horny layer). Typically, patients with angina describe a sensation of heaviness or pressure in the retrosternal area that may radiate to the jaw, left shoulder, back, or left arm. nurofen.sildenafil.deltasone It is thus, ultimately, most important to recognize that renal function in patients with AKI is generally markedly lower than one would estimate using steady-state methods, and dose adjustments should be made if necessary to avoid drug toxicity (see Chapters 28 and 33). Patients experience defervescence as they enter the critical phase, which is characterized by some degree of plasma leakage. False-positive results can occur in the presence of alkaline urine (pH greater than 7.5), when the dipstick is immersed too long, in those with highly concentrated urine, in the presence of drugs such as penicillin, sulfonamides, or tolbutamide, as well as blood, pus, semen, or vaginal secretions. metacam.proquin.dilantin For example, mosquitoes that transmit Dengue, YF, and chikungunya bite more frequently between dawn and dusk, whereas mosquitoes that transmit malaria and Japanese encephalitis primarily bite from dusk to dawn. These reactions may be evident as fixed drug eruptions; macropapular, morbilliform, or erythematous rashes; exfoliative dermatitis; photosensitivity reactions; or eczema. Pulmonary toxicity has followed intrathecal as well as oral administration and has occurred after single doses as well as long-term daily and intermittent administration. endep.eldepryl.viramune Which of the following regimens would you recommend for him? The cause of the tragic chloramphenicol-induced gray baby syndrome in newborn infants is decreased metabolism of chloramphenicol by glucuronyltransferases to the inactive glucuronide metabolite. Patients with 5q- syndrome typically survive longer and have a lower risk for progression to AML than a similar IPSS risk patient.

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Serological testing can ultimately confirm diagnosis, but can take weeks. It is an important first step to improve the quality of medication management for individuals with limited health literacy. Her serum creatinine concentration is 1.8 mg/dL (159 Ојmol/L) and stable. flixotide.hyaluronate.vistaril Selection of the appropriate vehicle to dilute the adult dosage forms for use in pediatric patients can be difficult. Antiemetics and antimotility agents are recommended to alleviate vomiting and diarrhea and to facilitate hydration (see Chapters 35 and 36). However, only a 33% increase in diarrhea resolution was documented compared to placebo. zicam.demadex.mometasone Sickle Cell Disease. Skin cancers tend to occur more frequently in older individuals with a median age of diagnosis 63 years old. The volume of air exhaled during normal quiet breathing is the VT. gris.cilostazol.nizoral There are concerns about pandemic avian influenza epidemics occurring in the future. Computer programs that aid in the individualization of therapy are available for many different drugs. Routine assessment of glucosuria to monitor diabetics has been replaced by newer methods of direct blood glucose measurements. demadex.ezetrol.anafranil Some of these assessments focus on an evaluation of the practice setting or workplace, while others also consider the members of the healthcare staff working in the organization. The human cases were all linked to the slaughtering of infected animals. Progression to AML at 1 year was significantly reduced with decitabine to 22% versus 33% in the best supportive care arm. flovent.clozapine.esomeprazole Drug-induced QT-interval prolongation may precipitate the serious, potentially life-threatening arrhythmia called torsade de pointes. On occasion, the serum cTn concentration may be elevated in a patient without coronary artery disease (CAD) in whom myonecrosis occurs because myocardial oxygen demands markedly exceed oxygen supply (caused, for example, by tachycardia or severe systemic arterial hypertension) or nonischemic cardiac injury occurs (ie, myocardial contusion caused by blunt trauma to the chest) (Table e11-3).

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Often multiple prescribers are involved resulting in poly-drug therapy. Future anti-MERS treatments may target the initial fusion step, which occurs during viral replication. https://lightning-dmxcontrol.com/stmap_415n198.html?valette.toprol.spiro... B). The exact pathphysiologic mechanism underlying the causal relationship between hypertension to RCC is yet to be conclusively identified, but it is believed to be related to hypertension-induced renal injury and lipid peroxidation. https://lightning-dmxcontrol.com/stmap_415n84.html?glucotrol.seretide.pe... However, surveillance of women who took dopamine agonists throughout pregnancy does not suggest that dopamine agonists are associated with an increased risk for birth defects. The patient presented with a recent acute change in mental status. Because there is no evidence of a cumulative dose effect once it has been established that the patient can tolerate the elevated dose, continued routine monitoring past the first year is unnecessary. https://lightning-dmxcontrol.com/stmap_415n119.html?haloperidol.prograf.... An S4 may be present in the patient with aortic stenosis, systemic arterial hypertension, hypertrophic cardiomyopathy, or coronary artery disease. If theophylline is to be given as the aminophylline salt form, the doses would need to be changed to reflect the fact that aminophylline contains only 85% theophylline (k0 = 9 mg/h theophylline/0.85 = 11 mg/h aminophylline). The rate has increased more rapidly in blacks than whites and in women than men. https://lightning-dmxcontrol.com/stmap_415n162.html?advil.telfast.dapsone MRI has a proven advantage over CT in evaluating lesions in the posterior fossa and in detecting lesions in the white matter, such as plaques in multiple sclerosis. He currently is receiving therapy with a fluoroquinolone that on average produces a peak serum concentration of 5 mcg/mL (mg/L) and an AUC of 100. These include both limitations in the numbers and various types of antimicrobials to use in the test (especially with premade or premanufactured trays) and a limited ability to detect some forms of antimicrobial resistance (eg, ОІ-lactamases in Gram-negative bacteria). https://lightning-dmxcontrol.com/stmap_415n217.html?reflux.norfloxacin.b... Domesticated and wild herbivores (eg, sheep, camels, elephants, horses, cattle, and goats) commonly acquire anthrax through ingestion of contaminated soil. FH is a tumor suppressor gene that encodes the enzyme FH responsible for catalyzing fumarate to malate in the Krebs cycle.